鬆井石根竭力為自己辯護。他使出了三招：一是矢口否認，二是裝聾作啞，三是推卸責任。

鬆井石根先是百般美化他在中國的活動：“我任軍職期間，在華北和華南呆了近１２年。在這個時期，為中日合作做了可能做的一切。……我始終堅信，日中之間的斗爭是所謂‘亞洲大家庭’中兄弟之間的爭吵，日本不可避免地要動用武力，以拯救旅居中國的日本僑民和保護我們的權益。這同哥哥經過長期忍耐后趕走不聽話的弟弟沒有什麼兩樣。採取這一行動的目的在於促使中國回心轉意。驅使這一行動的動機不是仇恨而是愛憐。……所以我要求我的軍官們要把這次派遣作戰的意義向每個士兵講清楚。我的守則可歸結為：在上海地區的斗爭目的僅僅是征服反對我們的中國軍隊，至於中國的官員和國民，根據可能則應得到安撫和保護。”然后，他全盤否定南京大屠殺的暴行。他說：“基南檢察官所雲對俘虜、一般人、婦女施以有組織且殘忍之屠殺奸淫等，則純系誣蔑。而超過軍事上需要破壞房屋財產等指責亦全為謊言。”

法庭出示了美國牧師約翰·馬基拍攝的影像資料。這段１０５分鐘的歷史膠片記錄了有關南京大屠殺的事實。對影像內容，日本記者連用三個“慘”字形容。

日本盟國納粹德國的一份文件，也進一步証實了日軍的暴行。德國駐南京大使館發給德國外交部的一封秘密電報，描述了日軍在南京殺人如麻以及強奸、放火、搶劫的情形，最終的結語是：“犯罪的不是這個日本人，或者那個日本人，而是整個的日本‘皇軍’……它是一架正在開動的野獸機器。”

面對事實，鬆井石根使出了他的第二招——裝聾作啞。他輕描淡寫地承認存在一些屠殺事實，但卻稱他當時不知道：“雖然我採取了一切預防措施，但在攻佔南京時，在一片慌亂的情況下，還是能夠找到一些激動起來的士兵和軍官干出胡作非為的事情來的。十分遺憾，我是后來才聽到這種過失的。”

莫羅質問：“你作為進攻南京的最高指揮官，怎麼能說后來才聽說發生這種‘過失’呢？”

鬆井石根為自己辯解說：“攻打南京的當時，我正在距該城１４０公裡的蘇州臥床養病，而且並不知道他們違抗我的命令竟干出這般暴行來。１２月１７日我到達南京后，從憲兵司令部那裡第一次聽到這種意外事件，我立刻下達了命令，敦促各部隊調查此事件並嚴懲肇事者。因此，把全部罪責都加在日本軍官和士兵頭上是不公正的。”

法庭以足夠的証據駁斥了鬆井石根的謊言。１９３７年１２月１７日，日軍舉行了狂熱的入城式和慰靈祭。鬆井石根乘車來到城東滿目瘡痍的中山門，換騎一匹栗色的高頭大馬，耀武揚威地進了城。成千上萬的日軍官兵在街道兩旁列隊歡呼，他戴著白手套的手在空中得意地揮動。

鬆井石根在第二招失靈后，使出了第三招——推卸責任。他先是說南京大屠殺應該由日本皇室的朝香宮負責，接著，又說他採取了一些措施。

南京大屠殺發生時，在南京的外國人士組建了國際安全區收容難民，國際安全區的負責人曾兩次通過外交途徑向日本當局就日軍的暴行提出強烈抗議。

檢察官諾蘭訊問鬆井石根：“國際委員會送交的日軍暴行備忘錄，你看到過嗎？”

鬆井石根回答：“見到過。”

“那麼你採取的究竟是些什麼措施呢？”

“我出過一張整飭軍紀的布告，貼在一座寺廟的門口。”

“你以為在浩大的南京城內，日軍殺人如麻，每天有成千上萬的男女被屠殺和強奸，你的一張布告會有什麼效力嗎？”

鬆井石根語塞。他想了想說：“我還派了憲兵維持秩序。”

“多少憲兵？”

“記不清了，大約有幾十名。”

“你以為在幾萬日軍到處瘋狂地殺人、放火、強奸、搶劫的情況下，這樣少數的憲兵能起到制止的作用嗎？”

鬆井又想了想，說：“我想能夠。”

當証人証實當時南京隻有１７名憲兵，且這些憲兵本身也參加了暴行時，鬆井石根再也無法為自己開脫。后來，鬆井石根在巢鴨監獄曾向僧人花山信勝懺悔：“南京事件，可恥之極。”

因南京大屠殺而作為甲級戰犯同時受審的，還有日軍華中方面軍副參謀長武藤章。武藤章協助鬆井石根指揮日軍攻陷南京后，命令城外的日軍可隨意在南京城內選擇宿營地。對於發生在身邊的燒、殺、奸、掠，他置若罔聞。

遠東國際軍事法庭根據大量的人証、物証，確認南京大屠殺是現代戰爭史上破天荒之暴行。

審訊二戰罪魁東條英機

１９４７年１２月２６日，法庭開始審訊東條英機。東條英機在任關東軍憲兵司令兼警務部部長時，瘋狂屠殺中國東北的和平居民和抗日志士，慘遭涂炭的無辜百姓不計其數。１９３７年近衛文?組閣后，東條英機力倡盡早對華發動大規模進攻。盧溝橋事變后，他指揮關東軍最精銳的“察哈爾兵團”，以閃電戰術攻佔了承德、張家口及大同等地。在進攻南口鎮時，狂轟濫炸，使全鎮百姓無一幸免。

東條英機踏著中國人的尸體不斷擢升，也愈益瘋狂。１９４０年他擔任第二次近衛內閣陸相后，大力擴充日本的細菌部隊，擬定並發布了法西斯軍人精神教規《戰陣訓》。１９４１年１０月１８日，他擔任日本首相后，瘋狂叫囂要“完成中國事變，確立大東亞共榮圈”，並最終發動了太平洋戰爭。