然而，東條英機卻拒不認罪。在５萬余字的供詞中，他隻敘述了自己當首相的４年中有關國家決策動機及軍事決策等問題，想方設法回避自己是主要決策者的事實，千方百計推脫責任，否認侵略活動。

東條英機狡辯說：“大東亞共榮圈”不是侵略，日本對外戰爭是“自衛自存”，是為了“解放東亞民族”。

法官質問道：“殺戮２００萬以上的中國人，都是出於自衛的考慮嗎？”東條英機無言以對。

法官又問：“你是否承認犯有發動戰爭罪？”

東條英機回答：“這次戰爭實在是日本的自衛戰爭！”

“日本為何肆意破壞華盛頓關於限制海軍軍備的《九國公約》？”

“先打個比方：給１０歲的孩子一套合身的衣服，可當他滿１８歲的時候，衣服綻開了。”

“但有可能將那件衣服縫縫補補使它合身——難道你不認為這樣嗎？”

“但個子長得太快，孩子的雙親來不及縫補。”

“１９４２年的‘巴塔安死亡行軍’，強迫戰俘在酷熱的氣候中長途跋涉，大批被弄得筋疲力竭的俘虜在‘行軍’中遭到毒打、刺殺和槍殺。對此你負有什麼責任？”

“按照日本的習慣，執行特定任務的司令官不受東京具體命令的約束，享有相當大的獨立性。”

“據我們所知，經日本最高當局批准，強迫戰俘在惡劣的條件下用雙手修建泰緬鐵路，路基兩旁遺下成千上萬戰俘的白骨，是這樣的嗎？”

“我們沒料到會做出這樣的事來。按日本人的性格，他們相信無論天上還是地下都不能容忍犯下這種罪行。”

在法庭上，東條英機還極力想擺脫他下令發動太平洋戰爭的責任。

檢察官對此進行了嚴厲的反駁。檢察官把重點引向日本和美國在開戰前的談判上——開戰前，日本人為和美國人周旋，制定了兩套談判方案：甲案和乙案。甲案的主要內容是：日軍有條件地從中國華南地區撤軍，但至少２５年內不會從中國華北、內蒙古以及海南島撤軍﹔日本堅持履行三國同盟條約。乙案作為替代方案，隻允諾不在西南太平洋地區實行武力擴張。

１９４１年１１月５日，日本政府發出電報，指示駐美大使，分次向美國提出兩個方案，敷衍美國人。據此，１１月７日，日本大使向美國遞交甲案。１４日，美國國務卿赫爾正式拒絕甲案。６天后，日本遞交乙案，同樣遭美國拒絕。但為取得偷襲的最佳效果，談判仍舊繼續進行。

１１月５日發出的電報，証明東條英機是發動太平洋戰爭的罪魁禍首。東條英機的辯護律師布列尼克認為，日軍對珍珠港的攻擊“並非偷襲”。檢察官反駁說：日本向美國遞交最后通牒是在日軍偷襲珍珠港１小時２０分鐘以后。而且，偷襲后日本才播發了天皇裕仁的宣戰詔書。

無論東條英機怎樣狡辯，遠東國際軍事法庭最終還是認定了他的罪行。僅在“破壞和平罪”中，他就犯有對華實行侵略戰爭、對美實行侵略戰爭、對英實行侵略戰爭、對荷蘭實行侵略戰爭、對法實行侵略戰爭、１８年間一貫為控制東亞及太平洋進行陰謀活動等６項罪行。判決書指出：“東條在１９３７年３月任關東軍參謀長，自此以后，幾乎所有的陰謀活動，他都以首謀者之一而與他人互相勾結。”“他對於日本鄰邦的犯罪攻擊，負有主要責任。”遠東國際軍事法庭對２８名甲級戰犯共提出５５項罪狀，而對東條英機的指控超過了所有的戰犯，除侵略蘇聯的“諾門坎事件”外，其他５４項均有份。